强纳森是一名弃婴，刚出生就被放置在孤儿院前，幸好一名船长认养了他，并供给他唸寄宿学校。只是聪明但又调皮的强纳森连续被五个学校退学，养父最后帮他找到一所「圣汤玛士合唱寄宿学校」。强纳森在机场见一只狗被主人遗弃，便将牠带往学校，但因学校禁止养狗，在室友的建议下将小狗养在他们的秘密基地──一座以拖车盖成的屋子。没想到此时来了一名自称是巴布的人，谓此处是他的产业。众人无奈离去，但巴布似乎认得学校教音乐的波克老师，遂答应照顾小狗，而且也欢迎众人到「秘密基地」玩。由于寄宿学生与当地的学生常发生摩擦，在举行圣诞音乐合唱之前，保管乐谱的塞巴修被当地学生关到一间地下室并放火烧了乐谱。马丁、尤里、马斯及强纳森立刻唿朋引伴前去救人，双方约定挑一人单打，结果马斯胜了，但对方仍不放人，双方展开一场雪球大战。强纳森利用双方混战之际救出了塞巴斯，众人急急赶到教堂时，正好赶上了大合唱。波克本来很生气，但在听了强纳森的叙述后反而说了一段往事。谓学校以前有两位要好的同学，叫罗勃的因母亲重病而荒废了练唱，遂被学校罚劳役，却由另一位同学代劳，没想到后来罗勃偷跑至西德探望父亲，害得另一位被退学，而此人正是波克。波克答应尽量不让强纳森退学，也希望同学们能自行排练一齣戏以便在圣诞节前夕演出。强纳森在拖车内找到一些绕舌歌词，于是决定以词曲上的名字「飞行教室」作为主题诉求，但没想到波克听到后竟愤怒地禁止他们演出。强纳森激动得踢翻舞台上的道具，结果引起一场火灾，幸好不是很严重。当强纳森道出众人心声时，波克也说出他与罗勃的过去往事，只是现在不知罗勃身在何处。众人已知罗勃即是巴布，遂带波克前去见罗勃，两名重逢的老友紧紧相互拥抱。众人知波克可能会被解僱，于是利用合唱之后演出了舞台歌舞剧，不但感动了校长，而学医的罗勃也答应留在学校担任校医。