故事讲述了三只憨态可掬的小苍蝇奈特、智能博士以及斯库特，一直梦想着要完成一件惊天动地的大事。奈特的爷爷阿莫斯曾经跟奈特讲过自己藏在着名女飞行员艾米丽特的飞机上，与其一起飞跃大西洋的故事。爷爷的英雄事迹一直激励着奈特想要去冒险的心。当听说人类要在佛罗里达州的火箭发射基地发射一艘名为“阿波罗11号”的飞船，要飞向遥远的月球时，奈特便想到了要做第一个登上月球的苍蝇。于是，他找来两位死党智能博士和斯库特，一同计划着如何搭上阿波罗11号飞船登上月球，从而名垂青史……经过一番周折后，奈特它们终于成功的登上了月球，成为首个登上月球的苍蝇，并利用自己的聪明才智帮助宇航员解决了飞船遇到的问题。在大家都在欢庆胜利，并准备返回地球时，潜藏在基里的几只俄罗斯苍蝇，却在酝酿着破坏阿波罗11号返回地球的航程。在这危急关头，苍蝇爷爷阿莫斯带领家族成员经过一翻搏斗，及时制止了它们的阴谋，阿波罗11号得以顺利的返回地球，在人类创造历史的同时，小苍蝇奈特也成为了动物世界的英雄。