西暦2062年。労働力の大幅な自动化プロジェクトの失败后、その中核となる人工知能アルテミスが人类との戦いを选んだ末、荒廃した二十年后の地球。とある基地の地下研究施设で、ひとりの少女、エンプレスが目覚める。彼女は人类の守护者３人の生き残りのうちのひとりであった。しかし彼女には以前の记忆がない。そんなエンプレスに平和构筑军の大佐は告げる。エンプレスには、现在、アルテミスが建设中の月と地球を结ぶ轨道エレベーターを完成前に破壊する使命があることを。完成すれば月で大量生産中の巨大机械军が大挙して地球へやってくるからだ。だが、その行く手を仲间であったはずのデッドマスターやストレングス、アルテミスの手先である无人军队やカルト集団＜教育机関＞のスマイリーらが阻もうとする。さまざまな思惑が交差する中、大佐らと轨道エレベーターを目指して进んでいくエンプレス。その先で待ち受けるものとは……。