西元199X年，世界受到核子武器的洗礼，山崩地裂，海水枯竭，人类的文明大都毁于一旦不过人类并没有因此而灭亡，少数人仍然残存了下来，活在这个沦为暴力统治的世界里……在烈日照耀下的荒漠中，一名男子拖着疲惫的步伐前进，当他走到一个村庄的时候，由于缺水及疲惫而倒了下去，被村人给关进牢房中。在牢中结识了原为小偷，现在也被关在同一间牢房的男孩-巴托，以及看守的小女孩-琳儿。在村中长老的屋中，村人为了确定他到底是不是暴力组织“Z“的成员，脱下了他的上衣检查是否有刺青，但是当长老一见到他胸前呈北斗七星形状的伤痕时，大吃一惊地认为这是不祥的预兆，而将他继续关在牢中。没多久，Z党来袭击这个村子，村中的自卫队被残杀殆尽，琳儿更是被对方的首领抓为人质，以逼迫村民就范。危急之际，破牢而出的健四郎施展北斗神拳摆平了Z党的老大，平安地救出了琳儿，保住了这个村子。之后，健四郎离开了村子，继续他的旅程，巴托因为崇拜健而跟着他走，长老则安慰流泪送别的琳儿：“北斗出现的地方必有乱事，他是为了琳儿而离开的，因为这里是琳儿的村子啊……旅途中健四郎收拾了暴力组织“King”中的黑桃和方块，在King的本部南十字星城中，健四郎解决了嗜杀的梅花，更在King的首领-南斗圣拳的希恩面前用绝招痛宰如肥猪一般的红心。在和希恩的对话中，说明了两人为何由好友变为仇人，最后希恩在死前说出健四郎的未婚妻-尤莉亚已死的消息，使得这场因爱而生的决斗画下了休止符。健和巴托停留在一间颇具规模的交换站，巴托偶然看见琳儿被关在由以前特种部队所组成的“神国”的卡车中，在救出琳儿后，健四郎顺道去毁掉“神国”这个组织。善后工作完成后，他们来到了巴托的故乡，帮助巴托的义母朵洋婆婆挖好水井。就在健四郎离开后，飞车党头目杰卡鲁来犯，朵洋婆婆为了保护孩子而死，健四郎大怒，誓杀杰卡鲁报仇！经过一连串的猎杀，被逼到走投无路的杰卡鲁决定到雷比尼监狱放出号称“不死恶魔”的重刑犯来对付健四郎，虽然对方为恶魔的化身，但是仍不敌战神化身的健四郎，和杰卡鲁一同到阴间报到。为了使朵洋婆婆所收养的孩子有人收留，健四郎受某村落之托消灭来犯的“牙一族”，为此认识了南斗六圣拳之一“南斗水鸟拳”的雷依，以及酷似尤莉亚的玛雅。由于玛雅的弟弟被牙一族所杀，为了玛雅的泪水，两人联手消灭了牙一族的先锋部队。牙一族的首...