社会迈入了新时代：人类已经制造出可以操作的机械人来代替他们从事某些危险及繁重的工作，这些机械人常应用在工程建筑领域。但是正因为机械人的强大力量，使得犯罪分子也蠢蠢欲动。因此作为国家工具之一的警察部队自然也会有相对应的机构来应付机械人事件的发生。在这个极其特殊时代的不安定状况下，日本警示厅警备部于是决定成立了一个全新部门――特车二课（SpecialVehiclesSection2）：以专门打击Labor相关的犯罪案件；而这种警队专用的Patrol-Labor（巡逻警用机械人）被称为Patlabor！一个新的机动警察分队——特车二课第2小队诞生了，他们的主要装备是新式的AV-98；虽然刚刚加入的队员们都幻想自己是警界中的精英，不过以普通人的标准来衡量的话：也许大部分都是危险分子也说不定；所以呢，与其说第2小队是有着期待而成立的新部门，不如说他们都是被上头讨厌而被放逐的异类，这和精英的第1小队完全的……不同吧。