テレビアニメや実写映画など様々なメディア展开で人気を集めてきた大和和纪原作の大ヒット少女コミック「はいからさんが通る」を新たなスタッフ＆キャスト阵で映画化した剧场版アニメ2部作の后编。大正时代。女学生の花村红绪は伊集院忍少尉と出会うが、彼が自分の许婚であることを知って反発する。やがて2人は许婚という関系を超えて惹かれ合うが、少尉は戦地で消息不明になってしまう。少尉の生存を谛めきれない红绪の前に、少尉と瓜二つのロシアの亡命贵族サーシャ・ミハイロフが现われる。爱する人と同じ姿でありながら自分のことを全く知らないサーシャにショックを受ける红绪を支えてくれたのは、彼女が働く出版社の编集长・青江冬星だった。そんな中、惊くべき事実が次々と明らかになり、彼らは歴史的大事件に巻き込まれていく。