明朝中叶。大明使节云靖奉命出使瓦剌，遭到瓦剌的汉人丞相张宗周陷害而被扣留并放逐到漠北苦地牧羊。二十年后，瓦剌与大明修好，云靖得以回归大明故土。因为云靖知道张宗周"复国"的大秘密，而被他的手下瓦剌第一勇士澹台灭明杀死在雁门关下，云靖的孙女云蕾和张宗周的儿子张丹枫初次相遇并亲眼目睹了这一惨剧。十年后。大明与瓦剌联姻。云蕾偷梁换柱冒充大明静公主意欲刺杀张宗周替爷爷报仇。迎亲途中，张丹枫与云蕾重逢进而产生感情。云蕾刺杀失败，张丹枫为救云蕾被迫与父亲达成协议，以少主身份前往中原神兵山庄去取回一张至关重要的图。张丹枫和云蕾一起前往中原，中途遭遇神奇人物黑白摩坷兄弟。张丹枫帮助黑摩诃化解重重危机，与之结为密友。云蕾因故与张丹枫失散，后与古灵精怪的静公主会合，二人女扮男装赶往神兵山庄寻找张丹枫。来到神兵山庄不久，云蕾便意外发现这里隐藏的重大秘密。原来，张宗周竟是当年张世诚的后代，张宗周一心想要复国，重振祖先的大周王朝。张丹枫要来取的那张图其实是一张藏宝图。这笔位于九龙山的宝藏正是张世诚兵败后留给后人东山再起的资本。云蕾决意毁掉张宗周的"复国梦"，因此与后来赶到的张丹枫产生难以调和的冲突，再加上云、张两家旧有的血海深仇，他们的情感面临巨大考验。静公主被大内高手张风府的义子云重等十三太保救走，静公主渐渐对云重产生好感。而云重正是云蕾失散多年的亲生哥哥，云重的出现也成为云蕾与张丹枫情感发展的障碍。张风府带兵攻破神兵山庄，对爱情彻底绝望的云蕾一剑重伤张丹枫，然后双双落入张风府手中被押往京城。石英和闻讯赶到的澹台灭明竭尽全力营救张丹枫，几场恶战下来，双方损失惨重。多亏静公主暗中相助，张丹枫和云蕾才得以脱险。静公主与云重的不伦之恋遭到皇上和张风府的坚决制止，静公主最终在雁门关上以死殉情，伤心欲绝的云重与张风府彻底决裂。张丹枫和云蕾跟随黑摩诃来到飞驼国，同行的还有张丹枫青梅竹马的好友澹台镜明。机缘巧合，精诚所至，爱情的力量使张丹枫和云蕾终于练成了举世无双的飞天剑法，帮助黑摩诃除掉抢走他王位的叔叔赤角，救活他的哥哥白摩诃。继而，张丹枫发现飞驼国与九龙山宝藏存在极深的渊源。一直暗恋张丹枫的澹台镜明对云蕾的仇恨也渐渐达到极致，终于在云蕾身上下了慢性毒药。张丹枫和父亲张宗周相聚九龙山，张丹枫已经决意毁掉父亲的"复国梦"。几股势力围绕着宝藏展开激烈争夺，经过几番殊死较量，张宗周赢得上风，终于打开了尘封多年的宝藏大门。然而，宝藏已经空空如也，只留下一本帐薄。原来，看守宝藏的老家人在这几十年间已经将宝藏分批赈济了各地的灾民。并且作了详细记录。这恰恰符合了张丹枫与云蕾的心愿，而张宗周则瞬间白头，万念俱焚。这样的结局也让他终于明白了"复国梦"的荒唐，梦醒的张宗周一头撞死在云靖镌刻的正气歌岩壁下。临死前，他终于承认并祝福张丹枫和云蕾的结合，而他以死谢罪的方式也化解了云张两家的血海深仇……因爱走入歧途的澹台镜明最终落得香消玉勋的可悲结局，同时，她下在云蕾身上的慢性毒药也终于发作。冥冥之中，澹台镜明遗落的一颗解药救活了濒死的云蕾，使得一段刻骨铭心的爱情终成正果，造就了一代萍踪侠侣。