讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道的神奇宝贝。当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。随着小智取得8个徽章,日本于2012年6月21日播放“Season2”，讲述小智一行人于合众联盟开始前，前往东合众地区参加神奇宝贝世界锦标赛青少年杯为开端的故事。后来小智在合众联盟8强出局，随后于2013年1月17日开始播出第2季的新章节“EpisodeN”，重新诠释因311日本大地震而未能如期播出有关的等离子队剧情。“EpisodeN”结束后，于2013年4月25日播出第2季的另一新章节“杰可罗拉冒险”，故事中小智一行人离开合众地区，返回关都，期间经过杰可罗拉群岛，并在群岛展开冒险旅程。