自那之后，已经过去了5年。5年前的雨神作战并没有将Amazon事态彻底平息，而是迎来了意想不到的新局面。普通人毫无预兆地Amazon化的现象在持续扩大，政府政府组成了新组织“4C”，秘密暗杀Amazon化的人们，打算隐藏真相。被强烈的吃人冲动所折磨、与他人保持的距离的“被作为Amazon培育”的少年千翼/假面骑士亚马逊・新。在他的面前，出现了一位能够变身为乌鸦Amazon的少女・优。优用骇人的战斗力打倒了其他Amazon。目睹到优的千翼受到了冲击——优是他第一次没有产生吃人冲动的作为“人”的对象，千翼第一次有了想要接近的人。然而，千翼所不知道的是，优是被Amazon化的父亲杀死后、作为以前的Sigma类型复活的生物兵器。。。