高达SeedDestiny重制版全集动画讲述的是发生在C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，就在自己的眼前，少年真·飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物，就只有妹妹掉落的手机……获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士。