这个故事描述了勇敢善良的美人鱼咕噜，经历一系列冒险以后，帮助小侠鱼回归家园的故事。小美人鱼咕噜一直梦想着，成为像妈妈爱丽丝那样善良的人。可是爱丽丝却为了追捕犯人深海恶盗，不能陪咕噜过生日。在两个好朋友章鱼和灯笼鱼的帮助下，咕噜瞒着妈妈去看了一场马戏。没想到却在马戏团偶然救出一只被绑架的小侠鱼，并且认识了自称想要帮忙的小丑鱼。为了像妈妈一样帮助弱小，咕噜决定送小侠鱼回到它的家，新海域。一路上，咕噜和朋友们经历了一系列艰难险阻，他们遇到马戏团鲨鱼老板的追杀，又遇到一群奇怪的追击者。章鱼为了保护咕噜，遭到袭击。逃出生天的咕噜与灯笼鱼却产生了观念上的分歧。灯笼鱼不满咕噜为了一个完全不认识的陌生人而令朋友陷入陷阱，但咕噜却坚持履行自己对泪珠的承诺，两人一拍两散。在小丑鱼的帮助下，咕噜终于找到新海域的入口。在经历一系列的关卡之后，咕噜却惊讶地发现，原来小丑鱼就是深海恶盗。他想破坏新海域，为自己悲惨的身世报仇。好在，爱丽丝及时赶到，母女一起对抗小丑鱼。最后，侠鱼长老献身，牺牲了自己的生命，救回了众人，也让小丑鱼悲痛欲绝，放下了仇恨。新海域重新恢复...